W 1568 roku papież postanowił przedstawić panującym z całą stanowczością, zgodnie z uchwałami trydenckimi, brak podstaw do ingerowania przez nich w sprawy kościelne181. O ile odmawiał on władcom wszelkiego prawa wglądu w sprawy stanowiące ścisłą domenę Kościoła, uważał za swój obowiązek interweniować jako Najwyższy Pasterz Kościoła Powszechnego w sprawy cywilne w przypadku zagrożenia na skutek działań władców i rządów zasad moralności katolickiej i uprawnień Kościoła. Obłożył ekskomuniką Elżbietę angielską (1558-1603), przywołał do porządku różnych władców, jak na przykład cesarza Maksymiliana II (1564-1576), i wywarł korzystny wpływ na Zachowanie pokoju w Europie.

17 maja 1809 roku dekretem podpisanym w Wiedniu Napoleon postanowił wcielić Państwo Kościelne do Cesarstwa Francuskiego. Pius VII odpowiedział bullą zawierającą ekskomunikę, którą doręczono natychmiast wszystkim przedstawicielstwom dyplomatycznym. 10 czerwca zdjęto flagę papieską i zastąpiono ją flagą francuską. Nazajutrz kardynał Pacca kazał rozlepić w mieście obwieszczenie o ekskomunikowaniu wszystkich, którzy targną się na wolność papieża. Przebywający ciągle w Wiedniu Napoleon postanowił z tym skończyć. Na jego rozkaz generał żandarmerii Radet, sprowadzony umyślnie z Florencji, aresztował Piusa VII oraz kardynała Paccę w nocy z 5 na 6 lipca. O czwartej nad ranem 6 lipca papież i sekretarz stanu znaleźli się w niewoli. Po postoju we florenckim klasztorze kartuzów konwój wyruszył na północ. Pius VII został najpierw zawieziony do Grenoble, ale przyjęcie, jakie zgotowała mu ludność, było tak gorące, że odwieziono go do Sawony, gdzie w twierdzy nadmorskiej miał pozostawać w niewoli przez trzy lata. Kardynał Pacca został uwięziony w okolicach Susy.

Powszechnie mówi się, a jeszcze więcej pisze, że muzea watykańskie stanowią „unikalną całość na świecie1′, ale nie sposób uniknąć tego truizmu, chcąc przedstawić szereg kolekcji, których nie sposób dokładnie obejrzeć w ciągu jednego dnia.

Konstytucja cywilna duchowieństwa uchwalona przez Konstytuantę 12 lipca 1790 roku była zebraniem w jednym akcie prawnym dawnych tez gallikanizmu, lepiej czy gorzej dostosowanych do gustów epoki. Papież Pius VI nie był nadmiernie zdziwiony, gdyż akt ten inspirował się polityką, którą już prowadziły inne rządy, jak austriacki i portugalski. Trudna sytuacja króla Ludwika XVI (1774-1792), dla którego papież żywił głęboki szacunek, opóźniła reakcję Stolicy Apostolskiej. Miesiąc po zatwierdzeniu przez króla Konstytucji cywilnej duchowieństwa Pius VI pisał do niego: „Nasza miłość dla Was oraz szczególne uczucie, jakie odczuwamy wobec Waszego Królestwa, skłaniają nas do działania z powściągliwością i umiarkowaniem”. Nadeszła pora, kiedy nie można było dłużej milczeć. 13 kwietnia 1791 roku papież formalnie potępił Konstytucję. Zaczęło się prześladowanie Kościoła francuskiego.

Na prefekcie Domu Papieskiego, zwanym często prefektem pałacu, ciążą rozliczne obowiązki, które czynią z niego jedną z najważniejszych osobistości Watykanu. Jest stale obecny przy papieżu, towarzyszy mu zawsze i wszędzie, działa, można powiedzieć, jako „zaufany człowiek Ojca Świętego zajmujący się administracją jego domu1’264.

Nie znamy warunków wyboru Biskupa Rzymu w początkach istnienia Kościoła. Prawdopodobnie od tego czasu stał się regułą wybór dokonywany przez biskupów okolicznych regionów, których nazywano i nazywa się jeszcze dzisiaj biskupami podmiejskimi. Pierwszym świadectwem historycznym, jakie posiadamy na ten temat, jest list napisany przez biskupa Kartaginy, Św. Cypriana, w 251 roku w sprawie wyboru papieża św. Korneliusza. Biskup napisał, że papież „został wybrany przez naszych kolegów zgromadzonych wówczas w Rzymie”: „naszych kolegów” – to znaczy biskupów sąsiednich diecezji, „za zgodą niemal całego duchowieństwa, głosami obecnego ludu, za aprobatą długoletnich księży i dobrych ludzi”. Ten list św. Cypriana potwierdza to, czego dowiadujemy się z innych źródeł o warunkach wyboru Biskupa Rzymskiego przez biskupów podmiejskich, wyboru zatwierdzanego przez duchownych Rzymu przy aklamacji wiernych i aprobacie „dobrych ludzi”, bez wątpienia notabli wspólnoty.

Do aktywów papieża należy zaliczyć starania o wprowadzenie w życie uchwał Soboru Trydenckiego, szczególnie w sprawie obowiązku rezydencji biskupów i proboszczów, nowych przepisów o doborze kandydatów do episkopatu, poparcie udzielane najbardziej aktywnym zakonom w walce z ówczesnymi błędami, zatwierdzenie w dniu 12 stycznia 1632 roku Zgromadzenia Misjonarzy założonego przez św. Wincentego a Paulo (1581-1660), pierwsze potępienie w 1643 roku, na mocy bulli In eminenfi, dzieła Augustinus pióra biskupa Ypres, Jansena (1585-1638), który głosił naukę o ograniczonej wolności woli.

W obliczu rozwoju reformacji świat katolicki nieustannie domagał się kontrreformacji, w czym pomóc miał sobór powszechny. Jak zwykle papież wahał się. Ambasador Wenecji w Rzymie, Soriano, napisał o Klemensie VII w depeszy do swego rządu: „Rozprawia dobrze, ale postanawia źle”. Papież długo oczekiwał na rozwiązanie problemu ze strony władzy świeckiej Karola V. Ten ostatni zwołał w roku 1530 państwa niemieckie na sejm do Augsburga. Ale obrady sejmu pomieszały szyki cesarzowi: państwa niemieckie przyjęły Wyznanie augsburskie, którą to nazwą określano teologiczne stanowisko luteran, i obróciły się nieco później przeciwko Karolowi V, łącząc się w roku 1531 w związek szmalkaldzki.'

Pius X, kanonizowany przez Piusa XII 20 maja 1954 roku, był człowiekiem niezwykłej skromności i prostoty, ale bezkompromisowym i nieugiętym w sprawach doktrynalnych. Początek jego pontyfikatu upłynął pod znakiem pogorszenia sytuacji religijnej we Francji. Kulminacyjnym punktem zatargu było uchwalenie ustawy o rozdziale Kościoła od państwa. Wywołała ona protesty papieża w postaci encyklik Une fois encore z 6 stycznia oraz Vehementer nos z 11 lutego 1906 roku. Po zreorganizowaniu Kurii Rzymskiej św. Pius X zajął się szczególnie liturgią, muzyką kościelną, studiami biblijnymi, poszukiwaniem jedności z Kościołem wschodnim. Jego najbardziej doniosłym dziełem doktrynalnym było podjęcie walki z modernizmem. Encyklika Pascendi z 8 września 1907 roku potępiała modernizm, agnostycyzm i immanentyzm. W jej następstwie narzucono duchowieństwu i profesorom wyższych uczelni kato- lickkh „przysięgę antymodernistyczną”. W tym samym duchu papWż potępił w liście do biskupów francuskich z roku 1910 ruch „Sillón” Marca Sangniera (1873-1950), głoszącego „chrześcijaństwo demokratyczne i społeczne”.

Nieszczęścia, których spodziewał się Pius IX, wynikały z rozpowszechnienia tych samych idei, ku którym skłaniał się on sam na początku pontyfikatu. Wyrzekając się swych wcześniejszych przekonań, papież musiał coraz częściej opowiadać się przeciwko nieubłaganemu, jak często mniemano, rozwojowi „postępu, liberalizmu i nowej cywilizacji” – tak to określił w przemówieniu w 1861 roku, które wywołało duży rozgłos. W 1864 roku przedstawił papież w oficjalnym dokumencie stanowisko Kościoła. 8 grudnia, w 10 rocznicę ogłoszenia dogmatu Niepokalanego Poczęcia, Pius IX opublikował jednocześnie z encykliką Quanta Cura przeciwko ówczesnym błędom, słynny Syllabus, zawierający wykaz 80 najbardziej charakterystycznych błędów. We wszystkich krajach liberałowie zareagowali niezwykle gwałtownie. Niektórzy biskupi, jak na przykład we Francji biskup Orleanu, Dupanloup (1802-1878), w Anglii kardynał Wiseman (1802-1865), arcybiskup Westminsteru, autor Fabioli, próbowali nie zawsze szczęśliwie wyjaśniać intencje papieża. W rezultacie wyłoniła się kwestia, czy papież był nieomylny, gdy ogłaszał tak doniosły dokument jak Syllabus. W tej sytuacji Pius IX zdecydował się powierzyć rozstrzygnięcie tego problemu soborowi powszechnemu.

Paweł VI zwiększył co prawda liczbę członków Świętego Kolegium, ale nieznacznie tylko zmienił zasady wyboru papieża w stosunku do ustanowionych przez Mikołaja II w dekrecie In nomine Domini235. Papież wybierany jest w tajnym głosowaniu większością dwóch trzecich głosów. Od 1274 roku wybór odbywa się na konklawe. Termin ten wywodzi się z łacińskiego cum clave, co można przetłumaczyć w odniesieniu do kardynałów jako „zamknięci na klucz” lub „pod kluczem”. Narodziny konklawe zasługują na przypomnienie. Po śmierci Klemensa IV (Guy Foul- quesa, Francuza) w 1268 roku, 17 kardynałów stanowiących Święte Kolegium zebrało się w Viterbo, miejscu jego zgonu. Wymaganą większość dwóch trzecich stanowiło 12 głosów. Przez ponad trzy lata, pomimo gromów, ciskanych przez dostojników, na przykład św. Bonawenturę czy przybyłego do Viterbo Karola Andegaweńskiego, brata Ludwika Świętego, nie osiągnięto porozumienia w sprawie wyboru nowego papieża. Zdesperowana ludność miasta postanowiła interweniować. Zamurowano drzwi i okna pałacu biskupiego, w którym zebrało się Święte Kolegium. Gdy to nie wystarczyło, odmówiono dostarczenia kardynałom żywności poza Chlebem i wodą. W tej sytuacji, mając ograniczoną możność poruszania się, uwięzieni w murach pałacu kardynałowie osiągnęli wreszcie porozumienie, wybierając 1 września, w dwa lata i dziewięć miesięcy od chwili pierwszego głosowania, kardynała Tebaldo Viscontiego, który zasiadł na tronie Piotrowym jako błogosławiony Grzegorz X. Na Soborze Lyońskim II a XIV powszechnym nowy papież podpisał 7 lipca 1274 roku, na tydzień przed śmiercią św. Bonawentury, który był ozdobą tego soboru, bullę Ubi periculum określającą procedurę konklawe.