Po śmierci Pawła III konklawe z trudem osiągnęło porozumienie w sprawie wyboru nowego papieża. W pierwszych turach głosowania głosy padały przeważnie na kardynała Reginal- da Pole’a, ale do osiągnięcia wymaganej większości dwóch trzecich zabrakło mu dwóch głosów. Po upływie trzech miesięcy większość uzyskał kardynał Giovanni Maria de’Ciocchi del Monte (1550-1555), który przybrał imię Juliusza III. Nowy papież, prawnik, który przebył wszystkie szczeble kariery w Kurii nie będąc nigdy z misją za granicą i nie troszcząc się o swój wygląd, wróg etykiety i ceremoniału, raczej porywczy, ale człowiek wielkiej dobroci i niestrudzonej szlachetności, bardzo popularny wśród biedoty rzymskiej, polecił bezzwłocznie wznowić prace soboru i przeniósł go z Bolonii do Trydentu. Mając więcej szczęścia aniżeli jego poprzednik, wyjednał przybycie do Trydentu obserwatorów protestanckich, ale bunt książąt niemieckich w roku 1552, sterowany przez księcia elektora Maurycego saskiego, spowodował ich wyjazd. Za pontyfikatu Juliusza III sobór określił doktrynę katolicką w sprawie sakramentów Eucharystii, pokuty i chorych. W tym samym czasie papież pracował osobiście nad reformą Kurii, nad statusem zakonów i regulaminem wyboru papieża. Śmierć, która nastąpiła 23 marca 1555 roku, nie pozwoliła mu doprowadzić tych prac do pomyślnego zakończenia.