Po śmierci Pawła IV..

Na miejsce Marcelego II Święte Kolegium wybrało prawie 80-letniego kardynała neapolitańskiego, Pietro Caraffę, który panował jako Paweł IV (1555-1559), Był to człowiek bardzo surowy, asceta, głęboko uduchowiony, ale zgryźliwy i niedoświadczony. Dwa dni po wyborze przyszły kardynał Seripando zanotował ze smutkiem w swoim dzienniku: ,,Oby Bóg pozwolił mu urzeczywistnić reformę Kościoła, którą miał na ustach Paweł III. Mówił, ale nie robił niczego. Juliusz nie mówił, ale również niczego nie uczynił. Marceli nie mówił, ale zrobił, co mógł, w krótkim okresie swego pontyfikatu. Dałby Bóg, aby Paweł IV mówił i działał, aby zrobił to, co obiecał, i aby ten, który jest tak mocny w słowach, był nim również w czynach!”178 Pod adresem Pawła IV można skierować poważny zarzut, że nie miał zaufania do soboru, co spowodowało, że sam zamierzał wprowadzić w życie reformę Kościoła, opierając się ściśle na inkwi- zycji oraz na Indeksie. Należy jednak przyznać mu zasługę stworzenia w Kościele prawdziwego klimatu reformy.

Po śmierci Pawła IV dnia 18 sierpnia 1559 roku kardynałowie potrzebowali ponad czterech miesięcy, aby osiągnąć porozumienie w sprawie wyboru jego następcy. W dzień Bożego Narodzenia 1559 roku obrali papieżem Giovanniego Angelo de Medici, który przyjął imię Piusa IV (1560-1565). Nowy papież, rodem z Mediolanu, przypominający tylko z nazwiska słynną rodzinę florencką, postanowił od pierwszego dnia swego pontyfikatu wprowadzić w życie podjęte przez kardynałów na konklawe uchwały dotyczące kontynuowania i zakończenia prac soboru, Z tym zamiarem powołał na stanowisko sekretarza stanu przyszłego świętego, Karola Boromeusza (1538-1584). Bullą ogłoszoną 20 listopada 1560 roku Pius IV podjął decyzję o wznowieniu prac soborowych na Wielkanoc roku 1561. W rzeczywistości dopiero 18 stycznia 1562 roku sobór rozpoczął na dobre obrady. Od tej chwili sprawy posuwały się szybko naprzód.