Jednocześnie kontynuował papież reformę duchowieństwa. Nie wahał się powtórzyć tego, co uczynił Paweł IV, który w nocy z 22 na 23 sierpnia 1558 roku zorganizował w Rzymie na szeroką skalę zakrojoną obławę, dzięki czemu usunięto z Wiecznego Miasta duchownych, którzy nie mieli w nim nic do roboty, oraz wywołujących zgorszenie księży i zakonników, przy czym pierwsi zostali odesłani do swych diecezji i klasztorów, a drudzy skazani na galery. Papież przygotował również poprawione wydanie Wulgaty, znane pod nazwą edycji sykstyńskiej.

Synod jest głównie zgromadzeniem doradczym powołanym do przedstawienia papieżowi swego zdania w rozmaitych kwestiach, na ten czy inny wskazany przez papieża temat. Stare słowo greckie sunodos — zebranie — oznacza od początków chrześcijaństwa konferencje biskupów o kompetencjach ograniczonych geograficznie lub etnicznie. W Kościołach wschodnich, czy będą one katolickie, to jest związane z papieżem, czy prawosławne, czyli schizmatyckie, oddzielone od Rzymu, instytucja ta utrzymała się aż do naszych czasów. W Kościele łacińskim synody, ograniczane przez długi czas do prowincji kościelnych, na które składa się kilka diecezji pod władzą arcybiskupa, praktycznie poszły w niepamięć z końcem XIX wieku.

Pierwsza biblioteka papieska została utworzona na Lateranie w IV wieku. Grabieże pałacu papieskiego, przeniesienie się papieży do Francji w XIV wieku, wreszcie pożar, który uszkodził poważnie Lateran podczas pobytu papieży w Awinionie, pociągnęły za sobą niepowetowane straty w zbiorach biblioteki, niezbyt jeszcze wtedy licznych, ale niezwykle cennych. Jan XXII założył w Awinionie nową bibliotekę, której zbiory pozostały we Francji: część ich po rozmaitych perypetiach powróciła do Stolicy Apostolskiej dopiero w 1891 roku268.

Odpowiadając 28 grudnia 1949 roku na życzenia korpusu dyplomatycznego akredytowanego przy papieżu, Pius XII w takich słowach mówił o znaczeniu Państwa Watykańskiego: ,,Nie może być (ono) zilustrowane statystyką ani mierzone wielkością jego terytorium, ani też oceniane siłą jego armii. Terytorium to, na którym zebraliście się, jest tylko niedostrzegalnym punktem na globie i mapach świata. W dziedzinie duchowej jednak stanowi ono symbol mający ogromne znaczenie i powszechny zasięg, ponieważ jest gwarancją całkowitej niepodległości Stolicy Apostolskiej, niezbędnej do pełnienia przez nią swojej misji w świecie. Jej siły zbrojne nie istnieją. Siła wojskowa tego małego państwa jest żadna, ale jego moc pokojowa jest niezmierzona”.

Powiedziano kiedyś o Świętym Kolegium, że jest senatem Kościoła. Chociaż purpura kardynalska przypomina tunikę senatorów starożytnego Rzymu, stwierdzenie to jest niesłuszne. Kardynałowie dalecy są od posiadania uprawnień, które można by porównać z kompetencjami senatorów. Sprawują oni, oczywiście kolegialnie, władzę najwyższą tylko podczas wakatu na tronie papieskim, władzę zresztą ograniczoną, gdyż nie mogą dokonywać żadnych zmian: sede vacante nihil innovetur. Wielkim przywilejem kardynałów jest dokonywanie wyboru papieża. Rada, którą stanowią, posiadała przynajmniej do pontyfikatu Jana Pawła II tę właściwość, że zbierała się w pełnym składzie za życia papieża tylko w celu złożenia mu życzeń w przeddzień imienin lub z okazji Bożego Narodzenia, albo by odbyć spotkania o charakterze akademickim, czyli konsystorze. Z protokołu konsystorzy minionych czasów pozostały tylko formuły, na przykład pytanie: Quid vobis videtur? (Co wy o tym sądzicie?), które stawia papież w pewnych okolicznościach. Nie wymaga ono innej odpowiedzi niż uprzejmy znak niemego przyzwolenia. Jan Paweł II przywrócił dawny zwyczaj, zwołując do Watykanu w dniach od 5 do 9 listopada 1979 roku kardynałów z całego świata, aby zasięgnąć ich zdania w różnych sprawach.

Następca Aleksandra VII, zmarłego 22 maja 1667 roku, Klemens IX, panował zaledwie dwa i pół roku. Usiłował uspokoić we Francji umysły, nadając Formularzowi Aleksandra VII wykładnię możliwą do przyjęcia przez najłagodniejszych jansenistów. Nazwano ją Pax Clementina. Pontyfikat jego następcy, Klemensa X (1670-1676), wybranego w wieku 80 lat, nie odznaczył się niczym szczególnym: utworzono wówczas diecezję w Québec. ,

Kampanie te — niezależnie od tego, czy znajdują się w szatańskim i po mistrzowsku realizowanym programie światowej dywersji czy nie — rozwijają się w tym samym czasie co największe w dziejach nasilenie materializmu. W samym zjawisku tkwi pewna sprzeczność. Ludzie domagający się wolności dla siebie, odmawiają jej innym. Rzadko wolność była tak zagrożona jak w naszych czasach: narzuca się ją siłą. To w imię wolności podporządkowuje się opinię publiczną sterowanej informacji, narzuca się rodzicom te lub inne formy wychowania i nauczania, ogranicza się wolność działania, wywiera nacisk na wybór zawodu, ogranicza się lub nawet znosi wolność religii. „Dopóki istnieje państwo, nie ma wolności — pisał Lenin w Państwie i rewolucji — gdy zapanuje wolność, zniknie państwo”.

Ważną sprawą leżącą papieżowi na sercu było apostolstwo misyjne. Kanonizując w dniu 22 marca 1622 roku Ignacego Loyolę, Franciszka Ksawerego, Filipa Neri oraz Teresę z Avila, Grzegorz XV wypowiedział charakterystyczne zdanie: ,,W czasach, w których odkrywamy Nowy Świat, gdy Luter walczy w Europie z Kościołem katolickim, Ignacy Loyola zakłada zakon, mający na celu nawracanie pogan i heretyków”. W tym okresie istniało już w Ameryce Łacińskiej około 30 diecezji. Dzięki akcji prowadzonej przez św. Franciszka Ksawerego Kościół nawiązał kontakt z Indiami oraz zapuszczał korzenie w Chinach i w Japonii. Misje te zamierzał papież popierać i nade wszystko rozwijać. Z tym zamiarem powołał do życia 6 stycznia 1622 roku najlepszy instrument, jaki kiedykolwiek posiadała Stolica Apostolska dla wypełnienia swego ewangelicznego posłannictwa, Kongregację Rozkrzewiania Wiary, słynną Propaganda Fide182, którą uzupełniło za czasów Urbana VIII Kolegium Propagandy, mające za zadanie kształcenie misjonarzy183

Zaistniałe w XVI i ciągnące się jeszcze w XVII wieku spory religijne spowodowały w konsekwencji osłabienie wartości religijnych. Ogół chrześcijan, obserwując starcia zwolenników dwóch skrajnie przeciwnych orientacji, począł objawiać zwątpienie. Pomimo kontrreformacji katolickiej, której dobrodziejstwa były niezaprzeczalne, prestiż papiestwa stopniowo się zmniejszał. Absolutyzm władców sprzyjał ewolucji umysłów, nadając pojęciu państwa nowe znaczenie, pozbawiając je pierwiastka religijnego. Kuria miała powody do zaniepokojenia. Jedynym papieżem, który ów niepokój podzielał, był Innocenty XI. Jeżeli był on względnie powściągliwy w sporze z Ludwikiem XIV, to dlatego, że przeczuwał tendencję zmierzającą do akceptacji nie sformułowanej jeszcze tezy o rozdziale Kościoła od państwa. Państwo stawało się stopniowo wszechwładne i niektórzy, zwłaszcza we Francji, uważali, iż powinno ono wykonywać zarówno władzę świecką jak i duchowną, aby uniknąć, jak pisał o tym

Po Innocentym XII nastąpił Klemens XI, którego pontyfikat trwał nieco ponad 20 lat (1700-1721). Jego polityka jako władcy świeckiego przyspieszyła kres wpływów papiestwa w Europie. Nieszczęsna interwencja papieża w sprawie sukcesji hiszpańskiej spowodowała pogwałcenie suwerenności Państwa Kościelnego w okolicznościach skłaniających do postawienia pytania o sens jego egzystencji. Odtąd państwa europejskie uważały za anachronizm istnienie terytorium pod zwierzchnictwem papieża. Prawdę mówiąc, długotrwały pontyfikat Klemensa XI pozostał w pamięci tylko dlatego, iż prowadził on zdecydowane działania przeciwko jansenistom.

Urzędy Sekretariatu Ogólnego obejmują 8 biur, których kompetencje są różne: Biuro Prawne, Biuro Spraw Osobowych i Stanu Cywilnego, Rachunkowość Centralna, Biuro Filatelistyczne i Numizmatyczne, Poczta i Telegraf, Aprowizacja, Urząd Straży Porządkowej, Biuro Informacji Pielgrzymów i Turystów.